يعتقد الكثير بأنه لا فرق بين المبيعات المعفاة و المبيعات الخاضعة لنسبة الصفر، نظراً لعدم وجود ضريبة مستحقة على عملية البيع في كلتا الحالتين ، ولكن هذا الإعتقاد خاطئ ، حيث أنه وحسب المفهوم الضريبي أن هناك فروق بين الإعفاء و نسبة الصفر ، وأول هذه الفروق يتمثل بحد التسجيل فعند إحتساب حد التسجيل فإن المبيعات المعفاة لا تدخل ضمن إحتساب حد التسجيل ، بينما المبيعات الخاضعة لنسبة الصفر تدخل ضمن إحتساب حد التسجيل والفرق الآخر والأهم والذي يؤدي عدم إدراكه إلى مشاكل ما بين المسجل وبين إدارة الضريبة يتمثل في المبيعات المعفاة سواء أكانت تلك السلع معفاة بموجب القانون أم من أصل سلعة خاضعة تم بيعها لجهات معفاة يتمثل في الضريبة المدفوعة على مدخلات ومستلزمات تلك المبيعات ، فإذا سبق وإن تم دفع ضريبة المبيعات على مدخلات أو مستلزمات السلع الخاضعة التي تم بيعها لجهة معفاة عند شراؤها وسبق وإن تم خصم تلك الضريبة وإستردادها وتسجيلهاعلى حسابات أمانات الضريبة يتوجب هنا عند بيعها معفاة أو لجهة معفاة عكس قيمة الضريبة لصالح دائرة الضريبة وإعادة ما تم خصمه
أما لو كانت عملية البيع خاضعة لنسبة الصفر، فإنه لا يتوجب على المسجل القيام بأي إجراء ضريبي حيال ذلك حتى وإن سبق وأن قام بخصم ضريبة المبيعات على مدخلات أو مستلزمات تلك السلعة ويتم الإبقاء عليها ولا يوجد هناك أي أثر ضريبي